減重代謝手術發展到現在，不論是手術效果還是安全都在不斷地提高，但和其他外科手術一樣，減重代謝手術的安全性也會受到多種因素的影響。
影響手術安全的因素大致可分為兩個方面——患者自身和手術操作，那些年齡偏大、BMI較高、併發症嚴重的患者在做減重代謝手術時，風險往往要更高。如果併發症過於嚴重導致身體不耐受，還可能需要先行調理，待身體狀況有所好轉之後才能進行手術；在做完手術之後，這類患者的術後管理要求也會更高。
而在手術操作方面，影響手術安全的主要是主刀醫生的手術經驗和手術團隊配置，主刀醫生的手術經驗越豐富，手術的安全性則越高，併發症出現的概率也越低，一般主刀醫生的手術病例數在500例以上即可視為達到了成熟點。
由於肥胖往往會帶來各種伴發症，牽扯到很多學科，病情複雜，所以一個成熟的減重代謝團隊除了主刀醫生和護理人員之外，還要有營養科、代謝內科、呼吸科、麻醉科等多學科綜合支援，在這些專業醫生的共同討論下來制定手術方案、實施手術。
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