臨床上一般將肛瘻分為以下兩類：單純性肛瘻：是指肛門旁面板僅有一個外口。複雜性肛瘻是指在肛門內、外有三個以上的開口，或管道穿通兩個以上間隙，或管道多而支管橫生，或管道繞肛門而生，形如馬蹄者，稱為馬蹄型肛瘻。1975年全國首屆肛腸學術會議制定肛瘻的統一分類標準，以外括約肌深部劃線為標誌，瘻管經過此線以上為高位，在此線以下為低位，其分類如下:
1、低位單純性肛瘻 只有一個瘻管，並通過外括約肌深層以下，內口在肛竇附近；
2、低位複雜性肛瘻 瘻管在外括約肌深層以下，有兩個以上外口，或兩條以上管道，內口在肛竇部位；
3、高位單純性肛瘻 僅有一條管道，瘻管穿過外括約肌深層以上，內口位於肛竇部位；
4、高位複雜性肛瘻 有兩個以上外口及管道有分支竇道，其主管通過外括約肌深層以上，有一個或兩個以上內口者。
根據瘻管與括約肌的關係分為：
1、黏膜下肛瘻；
2、括約肌間肛瘻；
3、經括約肌肛瘻；
4、括約肌上肛瘻；
5、括約肌外肛瘻。
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