以肛周病變為首發臨床表現的克羅恩病診斷可能較為困難，甚至易被忽略。如同時出現多種肛周病變，如非正中線部位的肛裂、潰瘍空洞、肛管狹窄等，臨床上應考慮克羅恩病。下表對比了CD肛周病變與非CD相關肛周病變的區別。
CD肛周病變與非CD相關肛周病變的最大區別是：手術切口難以癒合！因此避免使用切割掛線(緊的)，應使用引流掛線(鬆的)!
克羅恩病肛瘻的治療策略
1、外科治療
肛周CD病變進展較慢，常無症狀，部分可自愈，治療效果不佳常常是因為未使用最佳的藥物治療方案。“早在1980年Alexander-Williams就指出：肛周克羅恩病病人失禁的主要原因多數由於手術過於積極，而非病變本身。”隨著醫學發展，生物製劑以及免疫調節劑的使用改變了肛周CD的治療策略。對於大多數的肛周病變，區域性治療可以改善症狀，聯合使用藥物治療(抗生素、免疫調節劑、生物製劑等)效果更佳。
肛周CD的治療應遵循以下原則：
1)主張多學科綜合治療；
2)個體化治療；
3)腸道CD活動需首先或同時控制腸道病變的活動；
4)肛周CD未引起臨床症狀或症狀較輕時則無需處理，應予以隨訪觀察；
5)外科手術應儘量保守；
6)無症狀的瘻管無需治療。
2、內科治療
藥物治療包括甲硝唑、環丙沙星、硫唑嘌呤(AZA)或6-巰基嘌呤(6-MP)。簡單、表淺的肛瘻經瘻管切開以及抗生素治療後即可痊癒。MTX可能也有一定價值。
長期生物製劑治療如抗腫瘤壞死因子抗體可使一半以上病人瘻管完全靜止。英夫利昔以及其他生物製劑如adalimumab、Certolizumab在促進和維持瘻管閉合方面的作用已得到研究證明。其他免疫抑制劑如他克莫司、沙利度胺等均有應用。
肛周克羅恩病的手術方法
CD肛瘻治療的理想效果是使瘻管完全持續閉合，無膿腫形成，避免手術，生活質量改善。在實際臨床情況下，大部分病人無法達到這個目標，但不斷湧現的新藥物越來越多的病人實現長期完全瘻管閉合。目前臨床上以減少瘻管滲液、促進瘻管癒合、改善生活質量為主。手術治療可能帶來比疾病本身更大的傷害，應相對保守。
肛瘻是CD肛周病變中最難處理的。CD肛瘻可採用Parks分型(圖)，但臨床上一般根據肛門檢查(包括有無皮贅、肛裂、肛瘻、膿腫、狹窄、直腸陰道瘻、直腸炎症等)以及肛管MR分為簡單性肛瘻與複雜性肛瘻。
肛瘻的Parks分型
1、低位肛瘻切開術
低位肛瘻通過切開術可獲得良好效果。但應儘量避免瘻管切除術，以免出現傷口遷延不愈。大部分不伴有直腸炎症的低位肛瘻經瘻管切開和或藥物治療即可治癒，應注意保護括約肌，部分切斷即可能導致大便失禁。
2、複雜肛瘻掛線引流術
完全根治複雜性瘻管幾乎不可能。治療的目的常常不是為了根治瘻管而是減輕症狀。高位肛瘻應行掛線治療，以保護括約肌的功能。
引流線可以無限期放置或直到瘻管內皮形成允許移除引流線為止。直腸炎合併高位複雜性肛瘻，則需要結合使用藥物治療、掛線引流、臨時性造口或直腸切除。中山大學附屬第六醫院對該中心CD合併肛瘻病例進行回顧性分析，認為非切割性掛線術可以使CD合併的複雜性肛瘻獲得長期充分的引流，可能是克羅恩病合併複雜性肛瘻的較佳手術方式。
3、直腸前移瓣修補術
在瘻管得到充分引流後，且直腸炎症活動靜止，可採用經肛門直腸前移瓣修補術以關閉肛瘻內口。對於高位複雜性肛瘻不合並直腸炎者，可行直腸前移黏膜瓣，三分之一可達到完全癒合。
預後
肛周膿腫和肛瘻的治療是否成功很大程度上取決於直腸情況。如直腸沒有炎症或者CD活動減輕，治癒機會較高。對於直腸內病變嚴重的複雜瘻、肛門失禁及肛門明顯狹窄等，在藥物治療和區域性處理失敗後，應及時行直腸切除術或結直腸切除術、永久性結腸造口或小腸造口，以解除病人的痛苦，提高病人的生活質量。臨時性造口並不能改善肛周克羅恩病病人的最終預後，僅有不到25％的病人能夠還納造口，大部分成功還納造口的病人也需要再次行肛門部手術。
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