克羅恩病(CD)的肛裂分兩種型別：
一、原發性肛裂
與克羅恩病無關，並且其病損處外觀和一般的肛裂並無差異，具有典型的特徵：淺潰瘍、位於正中線、從齒狀線下延伸至肛管外緣。通常對以下治療有效：坐浴、麻醉藥和激素軟膏、控制腹瀉。原發性肛裂在克羅恩病病人中很少見。
二、CD相關的特發性肛裂
CD肛裂的特點是：潰瘍深而寬，並且有時呈多發，常位於側位，遠離正中線並且常伴隨其他肛周疾病。儘管這些肛裂病變看似嚴重，但一般不引起症狀或症狀輕微，文獻報道40％~85％CD肛裂可合併疼痛。80％以上CD肛裂可自愈。如有肛周活動性CD，可口服甲硝唑、5-氨基水楊酸灌腸或肛門栓劑，還可考慮使用免疫抑制劑。如肛裂引起疼痛，應注意有無膿腫或瘻管形成。如肛裂不癒合、症狀持續，需排除直腸炎可能。
三、處理原則
CD肛裂不應施行肛裂切除術。單純肛裂如存在肛管壓力過高、不伴直腸炎症時可能對內括約肌側切術有效。經內科治療不癒合的肛裂，如無合併直腸炎，大部分可經內括約肌側切術治癒。如不進行內括約肌切開，最終可能形成膿腫或肛瘻。如同時存在直腸炎，應避免手術。
部分CD病人可出現一種特殊型別的肛管潰瘍，潰瘍面寬大而且呈穿透性，可累及大部分肛管，甚至呈環狀，對常規的區域性治療無效。大潰瘍形成空洞常引起肛周劇烈疼痛，高達56％病人有嚴重持續性疼痛，35％有排便疼痛。區域性治療如肉芽組織清創術以及區域性注射糖皮質激素(同時口服硫唑嘌呤)可能有效，但這些病人常常最終需要切除直腸，並行糞便轉流。
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