咽喉部的囊腫不會自行消失，並且藥物治療通常也無顯著效果，手術切除是唯一確切的治療方法。
咽喉部囊腫最常見的是會厭囊腫以及聲帶囊腫，會厭囊腫發生在會厭舌面以及會厭谷處，多因區域性腺管堵塞而導致囊腫發生，可引起會厭抬舉功能下降以及咽喉部的異物感。患者主要以咽喉部異物感以及吞嚥異常而就診，檢查時可見會厭部淡白色、質軟、無疼痛的新生物。如果患者症狀較重，咽喉部異物感明顯或者囊腫呈持續性增大，則需要進行手術治療。聲帶囊腫檢查可見單側聲帶的前中1/3處，一個表面光滑、淡白色的新生物，可導致聲音嘶啞。如果發現聲帶囊腫一定要儘早手術，術後積極進行發音訓練就可以避免囊腫復發。
咽喉部的囊腫屬於良性病變，通常不會發生癌變。因此，咽喉部囊腫未引起嚴重症狀時，可先行觀察。若症狀較重，造成咽喉疼痛、阻塞時，應及時行手術治療。
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