卵巢囊腫是否發生惡變主要取決於囊腫的性質，與囊腫的生長年限沒有直接關係，雖然臨床中大多數卵巢囊腫均為良性，但仍有發生惡變的機率。
首先，如果卵巢囊腫在短時間內迅速增大，並且在超聲檢測下發現有雙側卵巢包塊、實性回聲或低阻血流訊號時，提示有惡變發生的可能，而長時間未發生變化的卵巢囊腫發生惡變的機率則不大。其次，無論是普通的卵巢囊腫還是由於子宮內膜異位引起的卵巢囊腫，一般情況下發生惡變機會不多，但不等於沒有。
絕大多數惡性的卵巢腫瘤都是由卵巢囊腫惡變而來的，因此只要患者確診有病理性的卵巢囊腫，都應儘早手術治療，以防惡變的發生。
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