乙肝抗病毒治療藥物可以分為兩大類：干擾素類及核苷（酸）類似物。前者是注射劑，有長效及普通的兩種。長效的又稱聚乙二醇干擾素,包括佩樂能(α-2b)和派羅欣(α-2a)；普通干擾素也有α-2a及α-2b兩大類，目前市售的有多個廠家生產多種商品名。總的來說干擾素是通過誘導機體免疫反應清除病毒，HBeAg血清轉換率較口服的核苷類高，有相對固定的療程。但副作用大，如流感樣症候群（表現為發熱、寒戰、頭痛、肌肉痠痛和乏力等）、一過性骨髓抑制（主要表現為外周血白細胞 (中性粒細胞) 和血小板減少）、精神異常（可表現為抑鬱、妄想症、重度焦慮等精神病症狀）及誘導產生自身抗體和自身免疫性疾病（包括抗甲狀腺抗體、抗核抗體和抗胰島素抗體）等。且失代償期肝硬化者不能應用。流感樣症候群、一過性骨髓抑制多在用藥早期出現，隨療程進展可逐漸減輕或消失，但有時也可持續存在，而影響療程，所以在用藥過程中應密切監測，隨時來診。核苷（酸）類似物:目前批准用於臨床的有拉米夫定、阿德福韋酯（賀偉力、代丁、名正等）、替比夫定、恩替卡韋等。用量均是一天一次，每次一片。使用方便、副作用小，但療程長、有的藥易引起病毒耐藥變異，停藥後有使病情惡化的風險。
需要強調：所以方案均非100％有效，因此在治療中要定期監測，必要時調整治療方案。
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