治療乙肝，關鍵是抗病毒，不抗病毒，僅僅保肝降酶，最終什麼問題都解決不了。在抗病毒治療中我國應用較多的是拉米夫定 (LAM)、阿德福韋酯 (ADV)、替比夫定 (LdT) 和恩替卡韋 (ETV)等核苷/核苷酸類藥物 ( NAs) 。這類藥物療效顯著，薈萃分析顯示，與不治療相比，用LAM治療能使肝癌發生風險降低78％ (相對風險為0.22)，其他 NAs也同樣有效。抗病毒治療切不可僅僅著眼於某些化驗指標，只是把HBV DNA水平降下來，把轉氨酶降下來，都不難，僅僅著眼於此，容易半途而廢。
如果不堅持用藥，HBV DNA和轉氨酶降低不過是暫時的，肝炎終將反覆活動，長期遷延，最終進展到肝硬化。凡是仍有肝炎活動或曾經有肝炎活動的肝硬化患者，都存在發生肝癌的可能性;只是病毒複製水平不同，發生的頻率不同而已。任何時候都不要忘記，乙肝抗病毒治療的根本目的，說到底，是為了預防肝硬化和肝癌，從源頭上阻斷“肝炎-肝硬化-肝癌"的程序。如果偏離了這一目標，很容易走上不規範治療的歧途。而要實現這一目標，就要堅持治療，持續抑制病毒複製，長期維持療效。臨床觀察表明，堅持抗病毒治療、血清病毒長期維持在檢測限以下，發生病情進展的可能性非常小，肝硬化和肝癌的發生率顯著下降。
必須清醒地認識到，慢性乙肝病毒感染是很難徹底清除的，從核苷/核苷酸類似物治療中乙肝病毒表面抗原的長期動力學觀察可以得出結論：長期治療是唯一正確的選擇。用專業術語講，抗病毒治療在抑制病毒，降低HBV DNA水平，降低轉氨酶水平，改善肝組織學等替代指標方面顯示出明顯的療效，但我們更應關注治療的臨床終點及臨床終點事件的發生率，如慢性肝炎進展至終末期肝病的發生率(肝硬化失代償減少，原發性肝癌發生率降低等)，而不是僅僅把眼光停留在替代指標。目前國際上相關研究開始從替代終點(如病毒抑制、HBeAg血清轉換等)向治療結局(硬)終點轉折(如肝癌發生率、死亡)。我國十二五課題“慢性乙型肝炎臨床治療新方案研究”的總體目標是降低肝硬化、肝癌及終末期肝病的發生率和病死率。
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