目前常用的治療方法包括體外衝擊波碎石術（ESWL）、經皮腎鏡取石術（PNL）、輸尿管軟鏡、腹腔鏡取石術以及開放手術等。上述的這些治療方法都可供臨床選擇使用，但是，對於具體的患者來說，應該根據結石在腎臟內的具體位置，選擇損傷相對更小、併發症發生率更低的治療方式。
隨著腔內泌尿外科手術成功地治療腎結石經驗的積累增多，現在開放性手術僅適用於一些特殊病例。其中，主要是那些需要同時進行解剖重建的結石患者。另一方面，儘管腹腔鏡取石手術在減輕手術損傷程度方面具有一定的優勢，但是目前尚不能成為治療腎結石的標準手段。
由於ESWL具有創傷小、併發症少、無需麻醉等優點，因此，成為目前治療直徑≤20mm或表面積≤300mm2的腎結石的標準方法。對於體積較大的結石，ESWL雖然也能夠成功碎石，但是，採用PNL能夠更快更有效地碎石。需要特別強調的是，PNL需要術者具有相當的專業技術和經驗。
採用ESWL治療巨大腎結石的缺點是需要反覆多次的治療，並且治療後容易發生結石碎片的殘留。因此, 一定要慎重地選用。推薦使用PNL治療該類患者。
殘留結石可以發展為新的結石，但是有報道認為這種危險性其實是相當低的。對於治療後仍有結石碎片殘留的患者，應該進行跟蹤隨訪。
經皮穿刺行介入溶石治療可以完全清除感染性結石的殘留碎片，降低結石復發的危險性。這種治療方法也可作為胱氨酸結石的輔助治療手段。
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