分流手術雖然適用於絕大多數腦積水，但是這個手術最大的問題就是會有比較高比例的併發症，併發症發生的機率約超過20％，在2歲以內的腦積水V-P分流的孩子超過30％，有些大宗病例報道甚至超過50％，明顯高於成人，且併發症的種類多達幾十種。僅是腦室腹腔分流術的併發症就可以寫一本書。
1、分流管併發症概述
由於分流手術是在兒童體內植入了外來物（即便排異反應很小），明顯改變原有的腦脊液迴圈，而且基本都是終生不拔除分流管，醫生將管子放入孩子體內後，這根管子能否和孩子現在的狀態及長期的未來相適應、相匹配——很多地方是醫生無法完全控制的。所以，分流管有較大概率出現各種問題，也就是併發症。
大約90％的併發症出現在10％的患兒身上，也就是說一旦出了併發症，後續反覆出現併發症的概率更高。嚴重的併發症約1-4％，包括：感染、出血、消化道或泌尿道穿孔、腹水、腹膜炎、氣胸、癲癇、裂隙腦室綜合徵、孤立腦室。相對不嚴重的併發症4-50％，包括：硬膜下積液、氣顱、分流管梗阻、分流管斷裂、腹腔包裹、腹腔積液、輕度的感染。嬰兒常出現的併發症包括：臟器穿孔、硬膜下積液/出血、皮下積液、分流管表明面板潰瘍（ulceration)、分流管梗阻、移位、脫出、顱骨異常增厚、腹腔內假性囊腫等。
2、嚴重——分流管感染
各種分流相關併發症中最嚴重的併發症是分流感染，被稱為“最昂貴的感染”，發生率為1％－7％。感染高危因素包括早產兒、低體重新生兒、既往手術史（頭部及腹部）、免疫反應不健全、出血後腦積水、感染後腦積水、脊髓脊膜膨出伴腦積水。60-70％的感染髮生於術後1月內。一旦出現感染，多數情況需要徹底拔除分流管，臨時放置外引流管控制感染，尋求再次手術時機，因而往往需要很長的住院時間、多次的手術、巨大的醫療花費才能解決問題。
3、需小心預防——過度分流
在兒童V-P分流手術中，另一個常見的併發症是過度分流引起的各種問題。過度分流帶給兒童的問題遠大於分流不足，因而兒童腦積水要非常注意避免過度分流。
過度分流在短期內可出現硬膜下積液，嚴重的積液常需要外引流，甚至再放一根硬膜下-腹腔分流管。在低齡患兒中，過度分流在遠期可引起更加嚴重的裂隙腦室綜合徵。裂隙腦室綜合徵指長時間過度引流後，腦室極度縮小，並引起腦室壁順應性下降，從而導致極小的腦室壓迫分流管腦室端，使分流管間斷出現不通暢的情況，可引起急性顱高壓和明顯頭痛、嘔吐。臨床上，裂隙腦室綜合症的處理很棘手。
所以為了避免過度分流，常常將分流管的初始壓力設定的比較高，同時使用可調壓分流管，逐步下調壓力，直到達到與患兒相匹配的、適合的壓力。
裂隙腦室綜合徵患兒影像，分別為術前，術後5個月，術後10個月，術後1年
4、最難以判斷的問題——分流管梗阻
分流管梗阻是最常見的併發症，並且在分流後全程都可能出現。
腦室端梗阻往往是由於患兒腦組織發育造成管頭位置不良，或者被脈絡叢包裹等原因不通。分流泵區域的梗阻，可能是由於長時間腦脊液內雜質堵塞精細的分流泵結構造成的。在腹腔端，可出現腹腔包裹性積液，或者腹腔內大網膜包裹或炎症阻塞。分流管梗阻後，常需要手術探查並更換分流管發生梗阻的部位，甚至完全更換新的分流管。但即使再次更換，也不能完全防止再次梗阻的出現。
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