衛生部發布的甲流疫苗預防接種知識答問表明，目前有三類人群明確被禁止接種疫苗。
首先是3歲以下兒童，目前我國批准使用的甲流疫苗適用於3歲以上人群，只在3歲以上人群中開展了臨床試驗，還沒有3歲以下兒童接種甲流疫苗安全性和有效性的資料。
第二，甲流疫苗的禁忌證為患急性疾病、嚴重慢性疾病、慢性疾病的急性發作期，因此如腎病綜合症患者處於急性發作期或者程度較嚴重則應禁止接種。
第三，對普通季節性流感疫苗過敏的人不能接種甲流疫苗;有雞蛋過敏史、接種疫苗過敏史及其他嚴重過敏史的受種者禁止接種甲流疫苗，有其他過敏史者應在臨床醫生的指導下慎重決定是否接種甲流疫苗。
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