肛瘻與肛周膿腫分別屬於肛周間隙化膿性感染的兩個不同階段。其急性期就是肛周膿腫，而慢性期即膿腫破潰後為肛瘻。因此，可以說肛瘻是肛周膿腫發展的一種結局。肛周膿腫是由肛腺感染後，炎症向肛管直腸周圍間隙組織蔓延而發生的。肛腺的發育和功能主要受到人體性激素，特別是雄性激素的調節。由於雄性激素的作用可使皮脂腺與肛腺分泌旺盛，如果肛腺管阻塞，肛腺液排洩不暢而淤積，它就會感染而引起肛腺炎。這就是導致肛瘻的主要原因。就男性而言，其體內分泌的雄激素往往要高出女性好幾倍，所以肛瘻的發病率，男性高於女性，其比約為5―6：1。
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