女性不孕率隨年齡增大而加重，年齡越輕治療越易，花費越少，故不孕症應儘早治療，40歲以上女性懷孕率極低。治療前必須明確女方的子宮、輸卵管、卵巢是否有問題；男方的精液情況是否正常等，並明確病因，針對不同病因採取不同措施，特別需要指出的是，有很大一部分的患者查不出病因，為特發性(不明原因)不孕症。
對於女性來說，藥物治療適應於一部分病人，對於多囊卵巢綜合徵、無排卵性月經、卵泡不破裂及過早黃素化等可採用藥物誘導排卵；對於黃體功能不全而反覆流產或不孕者，可使用藥物進行黃體期支援；對於月經不規律影響懷孕者，可調整月經、促排卵;對於促性腺激素水平增高的卵巢早衰患者，也可試用藥物治療。
除以上情況外，還有一些不孕症藥物治療是無效的，必須手術治療。手術治療適用於少量有器質性疾病者，如子宮肌瘤剔除、輸卵管吻合、腹腔鏡解除盆腔及輸卵管粘連，這些情況下手術是必須的治療方法。
在藥物治療和手術治療無效的情況下，一些不孕患者需通過輔助生殖技術妊娠，包括常用的人工授精(由丈夫精液人工授精、供者精液人工授精等)、各種試管嬰兒技術等。實施這些人類輔助生殖技術必須經過衛生部及省級衛生行政部門批准、獲得批准證書方可實施。需要指出的是，輔助生殖技術治療的妊娠率一般超不過正常夫婦的妊娠率，一個月經週期的輔助生殖技術妊娠的受孕率一般不會超過40％。
不孕不育症的治療最重要的是需要夫妻雙方的協同配合，要建立起耐心、信心和決心。生活中，夫妻中生育能力弱者，更容易焦慮甚或愧疚，所以在治療期間夫妻雙方應充分溝通，包容和體貼對方，不要一味的埋怨和厭煩。
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