手術最佳最佳治療時間取決於多種因素,其中包括先天畸形的複雜程度、患兒的年齡及體重、全身發育及營養狀態等。一般簡單先天性心臟，建議1--5歲，因為年齡過小，體重偏低，全身發育及營養狀態較差，會增加手術風險;年齡過大，心臟會代償性增大，有的甚至會出現肺動脈壓力增高，同樣會增加手術難度，術後恢復時間也較長。
對於合併肺動脈高壓、先天畸形嚴重且影響生長髮育、畸形威脅患兒生命、複雜畸形需分期手術者手術越早越好，不受年齡限制。
先心病一般是無法自行癒合的，均需通過手術或者介入的方法根治。但是對於缺損口徑小於0.5cm的房缺及小於0.2cm的室缺，無需治療，它不會對患兒心臟功能及生長髮育產生不良影響。
但由於孩子存在心臟雜音，對將來升學、就業、婚姻有一定影響，而現在手術又非常成熟，有些家長由於這些社會因素還是選擇手術。還有一些小的缺損，比如干下部位的室缺，由於靠近主動脈瓣，無論口徑多大，均需要積極手術治療。
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