對於已經檢查出脂肪肝的患者，如何治療是他們最關心的問題。不少脂肪肝患者會盲目服用各類保健品，其結果是，不僅不能控制病情，相反還會威脅健康。而且脂肪肝與肥胖、糖尿病和高血脂症等有密切關係，在不當應用保健品後，有人肝臟的病變可能會加重。對於兒童脂肪肝患者，家長們更不能輕易給他們服用療效不明的保健品，如果一旦引起患兒肝臟大量脂肪積聚，更容易導致肝細胞的壞死，發展為肝纖維化和肝硬化。因此，保健品應在醫生的指導下服用。
脂肪肝缺乏有針對性的有效藥物多數學者認為治脂肪肝重點在於改變生活方式，如節食、運動、禁酒、戒菸，去除病因，治療原發疾病。根據脂肪肝發展的不同階段、臨床表現和實驗室檢測結果酌情選擇藥物。主要原則有：去除病因和誘因，停用肝毒藥物和避免接觸肝毒物質，以及糾正腸道菌群紊亂。腸源性內毒素血癥與脂肪肝的病程進展密切相關，應用微生態製劑和在必要時應用可抑制腸道菌群的抗生素，可減少腸道菌群的異位，抑制內毒素產生，減輕內毒素血癥，減少炎症因子的釋放，但應慎重考慮藥物的毒副作用。
控制原發基礎疾病或伴隨疾病胰島素抵抗、遊離脂肪酸增加產生的糖脂代謝紊亂是脂肪肝形成的原因之一。積極改善胰島素抵抗和糖脂代謝異常，可阻止肝細胞從脂肪變性向脂肪性肝炎發展。而通過抑制合成膽固醇的限速酶活性，減少膽固醇和脂肪酸的合成，也是阻止脂肪肝進展的重要措施。
氧應激/脂質過氧化是脂肪肝病程進展中的另一個主要因素，是使脂肪變性發展為脂肪性肝炎的關鍵，因此保護肝細胞膜，提高肝細胞抗氧化能力，可以減少肝內脂肪含量，促進脂肪肝消退，防治肝炎、壞死和纖維化，以阻止慢性肝病進展，對於病情的緩解或延緩具有積極意義。
事實上，至今國內外尚無治療脂肪性肝病的靈丹妙藥，而防治肥胖性脂肪肝這類現代都市病，通過節食、鍛鍊等措施減肥比保肝藥物治療更為重要，尤其是單純性肥胖性脂肪肝治療主要是改變生活方式，這也是單純性脂肪肝中治療惟一有效的選擇，但對治療3～6個月以上仍未緩解者，應注意：是否原發病因或誘因仍在起作用;致病因素不清以及病情已經發展為脂肪性肝炎。
保肝藥物是起輔助治療的保肝藥物主要用於臨床上表現為血清轉氨酶持續異常或肝活檢存在炎症、壞死和纖維化者;經過全面檢查但原發病因不明的隱源性脂肪肝;單純性脂肪肝基礎治療6個月仍無效或所採用的基礎治療可能會誘發和導致肝病惡化者。用藥方式主要採取：選用1～2種保肝藥物治療半年以上，或用至血清轉氨酶恢復正常、影像學檢查提示脂肪肝消退為止。有少數患者即使去除病因，但病程仍可進展為不可逆轉的肝硬化。
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