甲狀腺結節的臨床處理應以超聲和FNAB結果為依據。當患者存在甲狀腺惡性腫瘤風險、有可捫及的結節、多結節性甲狀腺腫或可疑惡性病變的淋巴結腫大時，應進行甲狀腺超聲檢查。根據檢查結果，確定是否須行超聲引導下細針穿刺活檢。
在超聲檢查過程中，對於符合下列情況的結節建議行FNAB：
①直徑大於10mm的實性低迴聲結節。
②超聲檢查懷疑囊外生長或頸部淋巴結轉移的任何大小的甲狀腺結節。
③兒童或青春期有頸部放射線接觸史的患者；甲狀腺乳頭狀癌（PTC）、甲狀腺髓樣癌或多發性內分泌腺瘤病2型患者的一級親屬；有甲狀腺癌手術史者；在無任何干擾因素的情況下所測降鈣素水平升高者。
④直徑雖小於10mm，但超聲檢查發現有與惡性病變相關征象[低迴聲和（或）邊界不規則、呈細長形、有微小鈣化或結節內血流訊號紊亂]的結節。
對於多結節性甲狀腺腫：
①當結節符合上述超聲檢查惡性徵象時，須行FNAB的結節極少需要超過2個；
②當同位素掃描顯示為“熱”結節時，不能行FNA活檢；
③若存在可疑淋巴結病時，應同時對腫大的淋巴結和可疑結節行FNA活檢。
對於混合性（囊實性）甲狀腺結節：
①對其中的實性部分行UGFNAB；
②同時將FNAB樣本和吸取的液體標本行細胞學檢查。
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