便祕的治療是個世界性的難題。便祕分為三種：結腸慢傳輸型、出口梗阻型，混合型。結腸慢傳輸型變現為便意少，出口梗阻型表現為有便意感但排出困難，混合型是前述兩種型別的混合。
長期便祕的患者建議做以下檢查,明確病因及便祕分型,治療更有針對性。
一、排糞造影
通過向病人直腸注入造影劑，對病人“排便”時肛管直腸部位進行動、靜態結合觀察的檢查方法。它能顯示肛管直腸部位的功能性及器質性病變，可用於診斷直腸脫垂、直腸前突、盆底肌痙攣綜合徵等出口梗阻型便祕。此外該檢查還可以診斷小兒巨結腸。
二、結腸傳輸實驗
通過讓患者口服一粒膠囊（裡面含有不透光的標誌物20小粒）。在第24、48、72小時分別進行放射檢查，通過觀察標誌物不同部位來判斷結腸的蠕動功能。
三、球囊逼出試驗
球囊逼出試驗是對直腸排便功能的一項輔助檢查，對判斷盆底肌、外括約肌反常收縮及直腸感覺功能下降有重要意義。測定方法：將導尿管插入球囊內，用線紮緊球囊的末端，球囊外部浸水潤滑，將球囊插入直腸壺腹部，注入50ml水（或空氣），用夾子夾住導管、在注水的過程中，詢問病人有無便意感，剛開始引起便意時，紀錄注入的水量（直腸感覺閾值）。矚患者採取蹲位和側臥位做排便動作將球囊逼出，同時紀錄排出的時間。5分鐘將氣囊排出為球囊逼出試驗陰性，屬出口功能正常；排出時間超過5分鐘甚至排不出為球囊逼出試驗陽性，系患者有出口阻塞疾患。
四、肛門直腸測壓
可通過測量直腸靜息壓、肛管靜息壓、肛管收縮壓、主動收縮壓、肛管高壓區長度、直腸感覺閾值、直腸順應性、直腸肛門抑制反射等指標，用於便祕分型診斷，可從以上幾個指標診斷出先天性巨結腸、內括約肌失遲緩、恥骨直腸肌痙攣綜合徵、盆底痙攣綜合徵等疾病。
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