脊髓內腫瘤的手術時機有人認為髓內腫瘤手術會加重脊髓損傷，導致術後神經功能障礙，主張對於症狀不嚴重的髓內腫瘤先觀察治療，待神經功能狀態進行性惡化時再考慮手術。然而，大量臨床資料表明，髓內腫瘤的手術效果與術前症狀的嚴重程度密切相關，晚期髓內腫瘤患者的脊髓常遭受嚴重壓迫和損害，肢體接近癱瘓或完全癱瘓，此時進行手術增加了脊髓進一步損傷的危險性，術後效果不佳，癱瘓的肢體難以恢復。因此，大多學者認為早期診斷、及時手術是髓內腫瘤治療成敗的關鍵，術前的症狀及體徵愈輕，術後恢復愈好，甚至可達到近正常狀態。
手術是治療大多髓內腫瘤的最有效方法。手術切除腫瘤的範圍取決於腫瘤與脊髓之間的界限。如果界限清楚，多為良性腫瘤，應用現代顯微外科技術不但能作到全切，而且手術致殘率低，常獲得滿意效果。幾乎所有室管膜瘤、分化較好的星形細胞瘤、血管網織細胞瘤與脊髓都有明顯分界，手術應力爭全切或次全切。應避免採取在脊髓上切一小口獲取少量組織進行活檢的方法，以免貽誤治療。對於髓內惡性腫瘤，雖然腫瘤內大部切除術或部分切除術可以緩解病情，減輕症狀。但考慮到髓內惡性腫瘤預後差，術後常合併較高的病殘率，有人認為此種情況僅做脊髓切開，獲得組織學診斷後，即應終止手術。對於髓內的皮樣囊腫、表皮樣囊腫，手術很難將囊壁從脊髓上完全剝離，因此不強求全切，即使囊壁少量殘留，長時間內很少復發。脊髓內的脂肪瘤不可能全切，可行瘤內大部切除，也能獲得肯定的治療效果。
手術結果與患者術前神經功能情況及腫瘤部位有關，通常大多患者術後可出現不同程度的感覺缺失，可能與脊髓中線切開有關，主觀症狀常和客觀檢查結果不相一致。但這種術後感覺障礙可逐漸改善。對於術前神經功能障礙嚴重且持續時間較長的患者，術後恢復差，甚至術後進一步加重，而術前症狀輕的患者，手術後恢復快、效果好。說明了早期診斷與早期治療的重要性。
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