直徑大於3釐米的卵巢巧克力囊腫需要手術完全去除，手術最常選擇腹腔鏡保守性手術，保留患者生育功能，儘量去除卵巢子宮內膜異位囊腫，同時分離盆腔粘連。手術方式可選擇鐳射，電凝燒灼破壞囊腫壁或是子宮內膜異位囊腫剝除術。因患者合併不孕，可同時行宮腔鏡檢查以及輸卵管通夜術。
卵巢子宮異位囊腫剝除術是首選的手術方式。若囊腫較大，粘連緊密，不能剝離乾淨，可行卵巢部分切除術；若卵巢組織已完全被異位內膜組織破壞，且粘連嚴重無法行卵巢部分切除術時，可行卵巢摘除術。
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