肝纖維化診斷的金標準是肝穿刺活檢。
肝穿刺活檢是在B超、CT的定位和引導下經面板穿刺，穿刺獲取肝臟標本一般約10～25毫克，經過處理後作病理組織學、免疫組化等染色，在顯微鏡下觀察肝臟組織和細胞形態。隨著穿刺器械和操作方法的不斷改進，現在普遍採用的一秒鐘肝穿刺法，方便安全，成功率高，且無明顯不良反應。如嚴格按照肝穿刺的適應症和禁忌症選擇患者，術前術後做好充分的準備與護理，不會加重原有肝臟的病變，不會加重病情。
一般而說，不少肝病患者經過病史詢問和體格檢查，或者在輔以必要實驗室和影像學檢查，就可確診。但是，有些不能明確診斷疾病，只有通過肝穿刺活檢，進行病理學檢查才能下結論，如淋巴瘤、肝癌、結核等。還有些疾病診斷起來有困難，需要肝活檢與臨床症狀相結合，才能作出診斷，如自身免疫性肝炎、慢性肝炎、原發性膽汁肝硬化等。
慢性乙肝患者通過肝穿刺檢查能發現慢性乙肝是否處於活動期，並能推斷其病變的輕重程度。肝穿刺檢查也是乙肝患者療效考核的標準，可以瞭解治療以後乙肝患者有沒有好轉，病變恢復得程度怎麼樣，還可以提供各型病毒性肝炎的病原學診斷依據，發現早期、靜止期或尚在代償期的肝硬化，判別臨床療效。肝穿刺檢查的準確性要明顯優於目前的影像學等檢查，尤其在確定肝纖維化嚴重程度上是國際公認的“金標準”。
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