兒童孤獨症一般預後較差。但近年來，隨著診斷能力、早期干預、康復訓練質量的提高，兒童孤獨症的預後正在逐步改善。部分兒童孤獨症患兒的認知水平、社會適應能力和社交技巧可以達到正常水平。
兒童孤獨症的預後受到多種因素的影響，包括：
1、診斷和干預的時間。早期診斷並在發育可塑性最強的時期(一般為3歲以前)對患兒進行長期系統的干預，可最大程度改善患兒預後。對於輕度、智力正常或接近正常的兒童孤獨症患兒，早期診斷和早期干預尤為重要。
2、早期言語交流能力。早期言語交流能力與兒童孤獨症預後密切相關，早期(5歲前)或在確診為兒童孤獨症之前已有較好言語功能者，預後一般較好。
3、病情嚴重程度及智力水平。兒童孤獨症患兒的預後受病情嚴重程度和智力水平影響很大。病情越重，智力越低，預後越差;反之，患兒病情越輕，智力越高，預後越好。
4、有無伴發疾病。兒童孤獨症患兒的預後還與伴發疾病相關。若患兒伴發脆性X染色體綜合徵、結節性硬化、精神發育遲滯、癲癇等疾病，預後較差。
目前研究表明，早發現、早診斷、早干預與兒童孤獨症的預後效果呈正相關。充分了解影響患兒預後的因素，積極採取治療措施，對改善患兒病情，促進患兒發展具有重要的意義。
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