甲亢主要有三種治療方法，包括內科抗甲狀腺藥物（ATD）治療、核醫學碘-131治療、外科手術治療。
內科藥物治療比較溫和，治療過程中能及時調整藥量。缺點是療程長，通常需規範治療1-2年；治療期間， ATD可引起過敏，肝、腎功能及造血系統的損害且一旦發生常常難以堅持。還有一個不足是停藥或減量時甲亢易復發，有報道ATD治療的複發率在40-60％左右。
碘-131治療方法簡便，通常僅服用一次碘-131，甲亢症狀在治療後4周左右開始好轉，一般在一年左右甲亢緩解率可達75-80％。碘-131治療不會引起過敏，肝、腎功能及造血功能的損害。那些由於ATD治療引起過敏，肝、腎功能異常或血細胞降低的甲亢病人照樣可以治療。有些碘-131治療半年後症狀無明顯改善或緩解不全的病人，可再次進行碘-131復治。碘-131治療的不足之處是緩解症狀比較慢。
手術治療通常採用甲狀腺次全切除術治療甲亢，其緩解甲亢症狀迅速，尤其適於甲狀腺明顯增大伴突眼以及甲亢伴有結節的病人，但其不足是有創傷。
因此對於不同的甲亢病人，醫生應採取個性化的治療方案，以取得最好的效果。
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