膠原交聯可以減緩、中止甚至逆轉圓錐角膜的程序，這一概念正逐漸被接受。在歐洲、北美、亞洲和世界各地已經開展了5到10年，在美國也逐漸流行起來，現在正進行一些FDA的臨床試驗。
爭議的問題之一是，什麼年齡做手術？關於最低年齡目前尚無確切的答案，但共識似乎是，只要有圓錐角膜進展的證據，進行這項治療就是合理的。10,12,15歲都曾被討論過。年齡上限同樣不清楚，但在35-50歲可能比較好，因為這之後圓錐角膜通常不會再有進展。
另一個爭議是，是否有嚴重程度的界限？沒有確切的數字來評判，但如果患者的角膜曲率測量結果非常高，很可能不適合再進行膠原交聯。
還有一個爭議是核黃素處理前是否保留上皮。在角膜專科日，Theo Seiler建議去上皮。
在過去5-10年，膠原交聯一般用紫外線處理30分鐘，那麼是否可以增加紫外線的強度並減少治療時間？在Wills眼科研究所，FDA試驗的一部分就在進行這方面的研究，使用3種不同強度和持續時間的紫外線治療。
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