中耳炎和顎裂有直接的關係，顎裂的孩子患中耳炎的機率要比正常人高很多，因為從耳朵內的中耳到咽喉，有一條通道叫咽鼓管。咽鼓管可以讓中耳的分泌物引流到咽喉中，維持鼓膜內外兩側的壓力平衡。顎裂患者的上顎有缺陷，軟顎的肌肉分佈不正常，使得咽鼓管咽口的開閉合功能失常，中耳產生負壓，所以經常有中耳積水(又稱滲出性中耳炎)的問題產生。根據統計，1歲左右的顎裂患者，中耳積水的比例高達95％，是常見的併發症。
中耳積水的症狀主要有聽力減退或耳內有腫脹感。但因幼兒大多不會表示，所以父母一般都不會察覺。除非積水發生感染，變成急性化膿性中耳炎時，才會有發燒或是耳道有分泌物流出現象。有時幼兒會因耳朵不舒服而時常用手抓耳朵，此時也要懷疑耳朵是否有問題。
滲出性中耳炎如果不治療，久而久之，鼓膜會結疤而硬化，如再加上經常的化膿性中耳炎，則鼓膜受損的程度會更加嚴重，而造成永久的聽力障礙，進而影響到發音的異常與語音的發育。
耳鼻喉科醫師可以用耳鏡來檢查鼓膜是否不正常，或是作聽力檢檢視是否有聽力障礙。另外可作鼓室圖檢查，可以測出早期的中耳病變。治療方法是保守治療，或配合顎裂修復術，在全身麻醉下放置中耳導氣管，以促使積聚在中耳腔的漿液或粘液引流出來。術後宜避免耳道進水，以免引起化膿性中耳炎。中耳導氣管通常在一年內會由鼓膜自動排出，有些人會因此再次發生中耳積水，則需再次治療。
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