使用避孕藥不僅對婦女的生育功能無不良影響，甚至有明顯的保護作用，主要是通過下述幾個方面產生直接或間接的作用：
1、婦女堅持和正確使用避孕藥，其第1年的妊娠率僅為0.3/百婦女年，能有效避免意外妊娠和人工流產，特別是重複流產，這是對女性生育功能的最好保護。
2、避孕藥可有效降低盆腔炎的風險。其主要的機制為避孕藥可增加子宮頸黏液的黏稠度，阻止下生殖道病原微生物上行。另一方面，避孕藥可抑制子宮內膜，減少月經量，降低由於經血逆流所致的盆腔炎的風險。國外的觀察顯示，服用避孕藥可使盆腔炎的發生率降低50％～60％;不僅如此，在經腹腔鏡確診的盆腔炎中，在服用避孕藥期間所發生的盆腔炎，其炎性反應程度輕微。
3、避孕藥能夠有效預防異位妊娠的發生。主要的機制是避孕藥能幾乎完全抑制排卵並能有效干擾受精。避孕藥可減少90％的異位妊娠的發生，文獻報道避孕藥使用者異位妊娠的發生率僅為0.005/千婦女年，與配偶採用輸精管切除避孕的婦女相近，遠低於使用避孕套、陰道隔膜、帶銅宮內節育器及行輸卵管絕育的婦女。避孕藥C強效的避孕效果使其即使避孕失敗，異位妊娠的發生率也極低。
除上述直接作用外，避孕藥還可以通過降低子宮內膜癌和卵巢上皮性癌（卵巢癌）的發生風險來保護生育功能。
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