決定是否清除病毒的關鍵是個體的免疫功能狀態。HBV感染人體後，其自然史有3個階段：
1、免疫耐受的高複製期，表現為血中HBsAg維持穩定的高滴度水平，幾乎均可檢出HBeAg及HBVDNA,肝記憶體在複製型HBV,但肝細胞膜上無MHC(主要組織相容性複合體)，也稱人類白細胞抗原(HLA)分子表達，而控制機體免疫應答能力的基因主要存在於MHC內，肝功能正常時無MHC表達，故使免疫系統無法識別HBV，因而不能清除乙肝病毒;這也是為什麼DNA定量高而肝功能正常的原因。
2、活動應答時的低複製期，此時肝細胞膜上HLA抗原顯著表達，免疫系統受到一定程度的啟用，表現為血清轉氨酶水平升高，此時MHC分子被啟用，發揮一定的抗病毒作用;
3、活動應答後的低(非)複製期，此時多有HBV與肝細胞的整合，HBV利用寄居的肝細胞結構進行復制，但不妨礙肝細胞代謝，處於和平共處狀態，不易被免疫系統識別而清除。綜上所述，乙肝轉陰的先決條件是一定要有免疫系統啟用現象(即肝功能異常)的出現。先有肝功能異常，降酶治療正常後再做轉陰治療也是效果欠佳的。
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