1、流膿：膿液的多少，因瘻管的長短、大小而不同。新生成的肛瘻流膿較多，膿稠，味臭，色黃，以後逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。如忽然膿液增多，表示有新瘻管生成。有時外口暫時封閉，流膿停止，體溫上升，區域性腫脹，再度形成膿腫。封閉的外口再穿破或形成另一新外口，又有膿液流出。內外瘻粗大者，有時糞便和氣體由外口流出。
2、疼痛：如瘻管引流通暢，一般不感疼痛，僅感覺在外口部位發脹不適，行走時加重。
3、瘙癢：肛門周圍面板因分泌物經常刺激，感覺潮溼搔癢，可出現面板變色，表皮脫落。
4、排便不暢：多見於蹄鐵形肛瘻，因瘻管圍繞肛管，形成半環狀纖維索環，因而影響肛門舒張，可出現排便不暢。
5、全身症狀：病期長會使身體消瘦、貧血、便祕和排便困難等症狀。
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