1、流膿是主要症狀。膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激面板而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，區域性腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消 肛瘻外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物為主要症狀。較大的高位肛瘻，因瘻管位於括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由於分泌物的刺激，使肛門部潮溼、瘙癢，有時形成溼疹。當外口癒合，瘻管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染症狀，膿腫穿破或切開引流後．症狀緩解。上述症狀的反覆發作是瘻管的臨床特點。
2、疼痛：瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
3、瘙癢：由於膿液不斷刺激肛周面板，常感覺瘙癢，肛周潮溼不適，面板變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
4、排便不暢：複雜性肛瘻口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
5、全身症狀：在急性炎症期和複雜性肛瘻反覆發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗症狀。
大部分肛瘻由直腸肛管周圍膿腫引起，因此內口多在齒狀線上肛竇處，膿腫自行破潰或切開引流處形成外口，位於肛周面板上。由於外口生長較快．膿腫常假性癒合，導致膿腫反覆發作破潰或切開，形成多個瘻管和外口，使單純性肛瘻成為複雜性肛瘻。瘙管由緻密纖維組織包繞，近管腔處為炎性肉芽組織，後期腔內可上皮化。結核、潰瘍性結腸炎、克隆恩病、惡性腫瘤、肛管外傷感染也可引起肛瘻，但較為少見。
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