目前對先天性心臟病治療方法主要有兩種：外科手術治療與內科介入治療。
一、外科手術：包括以下兩種方法：
1、 開胸手術：為主要治療方式，適用範圍較廣，能根治各種簡單、複雜先天性心臟病，但一般需要體外迴圈及全麻，術中需要切開胸骨和心臟，對身體有一定的創傷，且術中一般需要輸血，術後恢復時間較長，少數病人可能出現心律失常、胸腔、心腔積液等併發症，還會留下手術疤痕影響美觀。
2、 微創封堵：近幾年興起的一種手術方法，切開胸壁和心臟，在超聲監測下置入封堵器，手術時間短，不需要輸血，術後恢復快，但胸壁仍遺留疤痕。
二、介入治療
介入治療是目前世界上治療先天性心臟病的最先進的一種方法，治療時醫生細小的特製的穿刺針穿刺病人血管(通常取右側大腿股靜脈或/和股動脈)，通過特製鞘管，在DSA的引導下，將大小合適的封堵器送至病變部位封堵缺損或未閉合的動脈導管，或用大小合適的球囊擴張狹窄的瓣膜，主要適用於室間隔缺損、房間隔缺損（繼發孔型）、動脈導管未閉、肺動脈瓣狹窄、主動脈瓣狹窄等簡單心臟病，手術時間短，一般半小時至1小時，不需要體外迴圈，學齡期兒童及成人局麻下即可進行，術中不需輸血，術後恢復快，12小時後可下地活動，2天后可出院，術後不留任何疤痕。
介入治療適用範圍同微創封堵術，但比後者更優越，因為創傷小，不留任何瘢痕。不合並其他需手術矯正的心臟畸形患兒應優先考慮行介入治療。
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