微生態製劑在兒科推薦作為主要藥物使用的疾病：
1、腹瀉病
腹瀉病是益生菌藥物臨床應用和研究最多的疾病，益生菌能夠通過補充腸道正常菌群、糾正菌群失調，分泌抑菌或殺菌物質和增強腸道區域性免疫反應有效地清除病毒和細菌等機制，明顯縮短腹瀉病程、降低腹瀉的嚴重程度，幾乎可以應用於所有的腹瀉病。
大量的臨床及實驗研究證實，絕大多數感染性腹瀉病兒存在著腸道菌群紊亂。對輪狀病毒等病毒性腸炎，積極推薦早期使用雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、酪酸梭菌、芽孢桿菌和布拉氏酵母菌等益生菌藥物。對細菌或真菌感染性腸炎，在給予敏感抗生素或抗真菌藥物治療的基礎上，推薦聯合使用益生菌藥物。
抗生素相關性腹瀉和肺炎繼發性腹瀉主要由腸道菌群紊亂所致，針對其預防和治療，積極推薦使用雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、酪酸梭菌、芽孢桿菌和布拉氏酵母菌等益生菌藥物。對艱難梭菌感染引起的偽膜性腸炎的防治，布拉氏酵母菌有更可靠的證據支援。
遷延性和慢性腹瀉病病因複雜，但往往由於各種原因導致腸道菌群紊亂，在排除特定病因以外，建議使用雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、酪酸梭菌、芽孢桿菌和布拉氏酵母菌等益生菌藥物。
2、功能性胃腸道疾病
功能性胃腸道疾病病因不明確，可能與腸道運動功能失調、內臟敏感性增高、粘膜免疫炎症、中樞和腸神經軸調節異常、腸道菌群紊亂等有關，目前缺乏有效的治療。益生菌具有酸化腸道、改善排便和調節腸道免疫炎症反應的作用。對功能性消化不良（包括小兒厭食症）、功能性便祕和功能性腹痛，推薦使用雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、枯草桿菌、酪酸梭菌等益生菌藥物。此外益生元藥物（乳果糖）對功能性便祕療效確切，推薦使用。
腸易激綜合徵（IBS）是常見的功能性胃腸道疾病之一，近年的流行病學研究表明部分IBS患者發生在急性腸道感染之後，並且IBS的發病與抗生素使用有關；IBS
患者存在小腸細菌過度生長、結腸發酵異常和腸道菌群失調。臨床研究證實，某些益生菌能夠全面緩解IBS的症狀，推薦使用雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌藥物。
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