使用原則：根據大便檢測結果選用，哪類菌群減少，則補充該類菌群；儘量停用抗生素，
抗生素對微生態製劑中的活菌有殺滅作用，兩者一般不宜同時使用，如果非用抗生素不可，應選用不受抗生素影響的微生態製劑，如樂托爾、億活等；如果無合適的製劑可供選擇，應儘可能將兩類藥物的服用時間間隔長些。一般來說，微生態製劑（生理性真菌如億活等除外）可與抗真菌製劑同時使用。複合菌製劑比單一菌效果好些。微生態製劑應與其他療法配合使用：微生態製劑常與病因治療或對症治療配合使用，即使是單純的腸道疾病，可能也需配合作用解痙、止瀉、補液等治療。合理使用抗生素原則：儘量使用小劑量，用小劑量就能達到目的，則不用大劑量；儘量使用窄譜抗生素，用窄譜抗生素能取得療效，則不用廣譜抗生素；儘量避免口服，對全身和腸道外感染，儘量不口服給藥，採用注射途徑給藥；儘量保護厭氧菌，無證據表明是厭氧菌感染，應儘量不使用對厭氧菌有殺滅作用的抗生素；儘快恢復腸道微生態平衡，如果使用抗生素擾亂了腸道微生態平衡，應儘快服用微生態製劑，恢復微生態平衡。浙江大學醫學院附屬兒童醫院消化內科樓金
傳統觀點認為益生菌製劑是相當安全的，近幾年文獻報道心內膜炎、菌血症、血液、區域性感染灶中檢測出雙歧桿菌、乳酸桿菌等。益生菌製劑的安全性的影響因素有：（1）益生菌的致病性及感染性：益生菌一般沒有致病性，但在細菌移位後可能會致病，一般患者服用益生菌後不會發生細菌移位，但在使用免疫抑制劑、免疫缺陷病人、悉生動物，則可能會發生（2）代謝物的毒性：雙歧桿菌、乳酸桿菌目前沒有報道有致病物質產生，但Jett 等（1994）報道Enterococcus可以產生引起細胞裂解的物質（3）傳遞耐藥質粒問題：糞腸球菌傳遞萬古黴素耐藥質粒（4）益生菌有血小板聚集作用、粘膜降解作用。
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