抗菌治療方案包括抗菌藥物的選用品種、劑量、給藥次數、給藥途徑、療程等，需綜合考慮病原菌、感
染部位、感染程度和患者的生理、病理情況。
在制定治療方案時應遵循《抗菌藥物臨床應用指導原則》，注意以下幾點。
一、品種選擇
抗菌藥物品種的選用原則上應根據病原菌種類及病原菌對抗菌藥物的敏感性，即細菌藥物敏感試驗的結果而定。因此有條件的醫療機構，對臨床診斷為尿路感染的患者應在開始抗菌治療前.及時留取合格尿標本，在懷疑存在血流感染時應留取血標本送病原學檢測，以儘早明確病原菌和藥敏試驗結果，並據此調整抗菌藥物的治療方案。
對於臨床診斷為細菌性感染患者，在未獲知病原菌藥敏試驗結果前.可根據患者的感染部位(上尿路還是下尿路)、發病情況、發病場所(醫院感染還是社群感染)、既往抗菌藥物用藥史及其治療反應等推測可能的病原體。並結合當地細菌耐藥性監測資料，先給予抗菌藥物經驗性治療。待獲知病原學檢測及藥敏試驗結果後，結合先前的治療反應調整用藥方案：對培養結果陰性的患者，應根據經驗治療的效果和患者情況採取進一步診療措施。
此外.應根據不同藥物的代謝動力學特點並結合患者感染部位選擇抗菌藥物。對於下尿路感染，應選擇尿中藥物能達到有效濃度的抗菌藥物，否則即使體外藥敏試驗顯示為敏感，但尿中藥物濃度不足，也不能有效清除尿中病原菌。如卡泊芬淨、米卡芬淨和伏立康唑，尿標本分離的真菌通常對這些藥物有很高的敏感性，但因這些藥物尿中濃度低，不能用於治療真菌所致尿路感染。而對於上尿路感染患者，因不能除外血流感染，故所選擇抗菌藥物不僅需要在尿中有高濃度，血液中也需要保證較高濃度。呋喃妥因和磷黴素氨丁三醇等藥物可在尿液中具有很高的濃度。但其血藥濃度較低，故僅用於治療下尿路感染.而不能用於治療上尿路感染。左氧氟沙星和β-內醯胺類抗菌藥物的血藥濃度和尿藥濃度均高。既可用於治療下尿路感染。又可用於治療上尿路感染。
二、給藥劑量
按各種抗菌藥物的治療劑量範圍給藥。治療上尿路感染。尤其是嚴重感染時，抗菌藥物劑量宜較大(治療劑量範圍高限);而治療單純性下尿路感染時，由於多數藥物尿中藥物濃度遠高於血藥濃度，則可應用較小劑量(治療劑量範圍低限)。同時，要根據肝腎功能情況調整給藥劑量。
三、給藥途徑
對於下尿路感染的患者，應予口服治療。選取口服吸收良好的抗菌藥物品種，不必採用靜脈或肌內注射給藥。僅在下列情況下可先予以注射給藥：
1、不能口服或不能耐受口服給藥的患者(如吞嚥困難者);
2、患者存在可能明顯影響口服藥物吸收的情況(如嘔吐、嚴重腹瀉、胃腸道病變或腸道吸收功能障礙等);
3、所選藥物有合適抗菌譜，但無口服劑型;
4、患者對治療的依從性差。
對於上尿路感染，初始治療多選用靜脈用藥，病情穩定後可酌情改為口服藥物。
抗菌藥物的區域性應用如前列腺注射和膀胱灌注抗菌藥物宜儘量避免。目前有循證醫學證據的膀胱灌注給藥只有對氟康唑耐藥念珠菌導致的膀胱炎，可膀胱灌注兩性黴素B。
四、給藥次數
為保證藥物在體內能發揮最大藥效，殺滅感染灶病原菌，應根據藥代動力學/藥效動力學原理、患者病情嚴重程度和肝腎功能狀況等決定給藥次數。抗菌藥物分為時間依賴性抗菌藥物和濃度依賴性抗菌藥物。時間依賴性抗菌藥物的濃度達到一定程度後再增加濃度抗菌作用無明顯增強，其抗菌效果與藥物濃度高於最低抑菌濃度(T>MIC)相關，即感染部位遊離藥物濃度高於MIC時問越長，抗菌效果越好。這一類藥物包括p.內醯胺類和碳青黴烯類等，除半衰期長的頭孢曲松和厄他培南等外，大多一日多次給藥。濃度依賴性抗菌藥物如喹諾酮類和氨基糖苷類，藥物濃度越高抗菌效果越好，因此這類藥物大多一日一次給藥。
五、療程
抗菌藥物療程因感染不同而異，對於急性單純性下尿路感染，療程基本少於7d。但上尿路感染，如急性腎盂腎炎療程一般為2周。對於反覆發作尿路感染，可根據情況進行長期抑菌治療。
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