清除指藥物治療結束時HP消失，根除指藥物治療結束後至少4周無HP復發。臨床上要求達到HP根除，慢性胃炎及消化性潰瘍的複發率可大大降低。體外藥物敏感試驗表明，在中性pH條件下，HP對青黴素最為敏感，對氨基糖甙類、四環素類、頭孢菌素類、氧氟沙星、環西沙星、紅黴素、利福平等高度敏感；對大環內酯類、呋喃類、氯黴素等中度敏感；對萬古黴素有高度抗藥性，但HP對鉍鹽中度敏感。尿素呼吸試驗與內鏡加組織學檢查幽門螺桿菌陽性者可用奧美拉唑、阿莫西林、甲硝唑0.2 的三聯療法，青黴素試驗陽性者可選用其他抗生素如四環素、紅黴素、慶大黴素，克拉黴素等。
治療方案的選擇原則是：
①採用聯合用藥方法，如國際上普遍採用的三聯療法或四聯療法
②幽門螺桿菌的根除率>80％，最好在90％以上；
③無明顯副作用，病人耐受性好；
④病人經濟上可承受性。
判斷幽門螺桿菌感染的治療效果應根據幽門螺桿菌的根除率，而不是清除率。根除是指治療終止後至少在一個月後，通過細菌學、病理組織學或同位素示蹤方法證實無細菌生長。
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