腎活檢一般不會加重腎臟的損害。例如經皮穿刺腎活檢每次只能獲取10餘個腎小球，這對整個腎臟功能是不會有影響。一般來說，腎穿刺活檢是比較安全的，若能嚴格掌握指徵及按操作步驟進行，極少發生嚴重的併發症。
常見併發症有：
（1）血尿
鏡下血尿幾乎每例皆有，一般常在1～2日內自行消失。肉眼血尿發生率2％～12％，約持續1～3日即可轉為鏡下血尿，不需特殊處理，僅延長臥床即可。個別病例血尿極嚴重，應給積極治療。
（2）腎周圍血腫
腎穿後發生腎周圍血腫十分普通，多為小血腫，無臨床症狀，1～2周內可自行吸收。
（3）動靜脈瘻
典型表現為嚴重血尿或（和）腎周血腫，頑固性高血壓、進行性心力衰竭，腰腹部血管雜音。
（4）感染
腎穿刺後感染髮生率並不高，但嚴重感染可造成腎膿腫及敗血症等嚴重後果，應予預防。
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