乳腺纖維腺瘤是否會惡變，是許多患者最關心的問題，也是臨床醫生所關心的問題，因為這直接關係著疾病的預後與臨床對策。一般認為，乳腺纖維腺瘤發生惡變的機率很低，僅有約0.2％的病例會發生惡變。惡變常易於妊娠哺乳期發生，或於年齡較大、病史較長的病例發生。
乳腺纖維腺瘤的惡變以發生肉瘤變者為多，而發生癌變者較少見。多數學者認為，乳腺癌的發生與乳腺纖維腺瘤無關;亦有學者認為當乳腺增生病患者同時再患有纖維腺瘤時，則增加了患癌的危險性;還有學者指出，絕經後的女性發生纖維腺瘤，則癌變傾向增加。
因此，一般來講，如果患了乳腺纖維腺瘤，不必過於緊張，特別是20歲左右的年輕女性，更是沒有必要為纖維腺瘤而苦惱，只需在臨床醫生的監控下進行觀察，如果醫生認為必要，可服藥治療一段時間;如果發現近期腺瘤持續長大，則可擇期手術;如果準備妊娠，亦可考慮在妊娠之前將其手術切除。
儘管乳腺纖維腺瘤中僅有極少的惡變比例，但臨床處理時，還是應提高警惕，特別是對於那些發病年齡在35歲以上，且腫塊在2cm以上者，原則上應予手術切除，而且最好行術中冰凍活檢。
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