風溼病患者和處於免疫功能低下的患者雖然機體的免疫應答受到影響，但仍可通過注射疫苗來預防感染。一般來說，這些患者禁用活菌(毒)疫苗，但仍可使用滅活疫苗，雖然這些患者對疫苗的反應並不理想，也有一些散在的因注射疫苗後誘發風溼病或原有風溼病病情加重的報道，但疫苗與風溼病的關係尚無定論，因此風溼病患者可以使用滅活疫苗。
一、流感疫苗和肺炎球菌多糖疫苗
免疫功能低下的患者一旦感染流感病毒，可產生嚴重後果，或繼發細菌感染產生嚴重後果。同樣，肺炎球菌感染可引起敗血症、肺炎、腦膜炎等併發症，是免疫低下病人死亡的重要原因。類風溼關節炎和狼瘡患者接種這兩種疫苗是安全有效的，但免疫效果比健康者差。
2008年美國風溼病學會指南推薦，應用來氟米特、甲氨蝶呤或柳氮磺吡啶的類風溼患者可接種滅活疫苗，避免接種活疫苗。流感疫苗應每年接種1次，不應通過鼻粘膜接種減毒活疫苗。肺炎球菌多糖疫苗每2-3年接種一次。
二、乙肝疫苗
乙肝病毒是引起慢性肝病的重要原因。免疫功能低下的風溼病患者感染後更易出現慢性攜帶狀態，導致慢性活動性肝炎、終末期肝病和肝癌。
目前尚無乙肝疫苗在風溼病患者中應用指南。乙肝疫苗可引起狼瘡性脂膜炎加重，但前瞻性研究顯示，乙肝疫苗對緩解期狼瘡患者是安全的。因不是活疫苗,對免疫力低下的風溼病患者是安全的，只是效果較差。
三、白百破疫苗
目前尚無在免疫功能低下的風溼病患者中的應用指南，但因是滅活疫苗或類毒素疫苗，應當是安全的。
如未接種過該疫苗的成年人，可接種3個劑量(0, 4-8 周和 6-12月);發生創傷後，如幼時接種過，但已超過5年，則應加強注射1次;如不清楚是否接種過，則應同時注射破傷風抗類毒素和疫苗各1次。有個案報道該疫苗可引起反應性關節炎，但是否引起自身免疫病無定論。
四、狂犬疫苗
目前所用的狂犬疫苗是滅活疫苗，引發腦炎的機率降低。接受激素和其他免疫抑制劑的風溼病患者，皮內注射疫苗所獲的抗體滴度較低，故建議肌內注射疫苗。
五、B型流感嗜血桿菌疫苗
成年免疫低下的患者如未接種過，可考慮接種。
六、腦膜炎球菌疫苗
因為狼瘡等瀰漫性結締組織病患者有功能性無脾、補體C3缺乏，應接種腦膜炎球菌疫苗。
七、甲肝疫苗
尚無甲肝疫苗在風溼病病人中應用的指南。已有滅活疫苗，該疫苗對免疫低下的病人是安全的，只是效果較差。
八、帶狀皰疹疫苗
風溼病患者發生帶狀皰疹的機率較高，且一旦出現，往往皮疹嚴重，難以治癒，出現內臟播散或死亡的機率也增高。2006年低溫冷凍乾燥減毒活疫苗問世，效力高，適合於免疫功能正常者，而不推薦用於免疫低下、正服免疫抑制劑、急性帶狀皰疹或皰疹後神經痛的患者。
對年齡超過60歲、服低劑量MTX (≤0.4 mg/kg/wk)或激素(≤ 20 mg/d，時間< 2 周)或依木蘭(≤ 3 mg/kg/d )的類風溼患者，也可接種該疫苗。不推薦用於其他結締組織病患者，如需進行接種，應在使用免疫抑制劑前2周進行。
另外，風溼病患者應避免與已接種某特殊疫苗或出現症狀的人接觸，如接種水痘的健康人出現了皮疹，則容易傳染給風溼病患者，要避免與之直接接觸，直到皮疹消失。風溼病患者還要避免與接種口服脊髓灰質炎疫苗和天花疫苗的人密切接觸，因為這些疫苗可能導致病毒擴散。
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