尿毒症發展到一定階段，體內蓄積過多的代謝產物，影響到日常生活、甚至威脅生命，就應開始進行透析治療。一般來說，血清肌酐707μmol/L以上，或血清尿素氮接近30mmol/L，或血鉀>6.5mmol/L就應開始透析治療。但是，即使血清肌酐、尿素氮或血鉀未達到上述水平，如果病人合併嚴重的尿毒症症狀(噁心、嘔吐、水腫等)，或合併難以糾正的代謝性酸中毒、甲狀旁腺功能亢進，或出現心力衰竭等嚴重合並症，也應儘早透析治療。
另一方面，即使血清肌酐或尿素氮超過上述水平，如果患者尿毒症症狀不明顯，也沒有合併心力衰竭、尿毒症腦病等嚴重的合併症，也可以繼續非透析治療。血鉀大於6.5mmol/L的患者，如果經一般內科治療血鉀可以降至5.5mmol/L以下，也不必立即開始透析治療。
早期開始透析治療，有利於保護尿毒症患者的腎臟之外的臟器功能，但不利於保護殘存腎臟功能，也帶來醫療費用的增加。那麼，什麼時候開始透析治療為好呢?一般而言，如果合併糖尿病、高血壓或老年患者，患者腎臟以外的臟器功能不良或存在各種尿毒症合併症較重，則應儘早開始透析治療，而不必等待血清肌酐或尿素氮達到上述標準後再開始透析治療，否則影響患者透析後的長期生存。
而如果患者腎功能惡化速度緩慢，飲食控制良好、尿毒症症狀不明顯，血壓控制穩定，沒有明顯心血管併發症，貧血和甲狀旁腺功能亢進經藥物治療能得以控制，則可以繼續非透析治療，不必急於開始透析。因此，何時開始透析治療沒有絕對的標準，應由臨床醫生依據患者的個體情況提出建議，與患者、家屬共同決定。
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