腸道菌群失調係指腸道正常細菌間的比例發生重大變化並引起某些臨床症狀而言。正常情況時腸道各種非致病菌間有相對固定的比例，並可分解某些物質、產生人體需要的某些維生素、抑制某些致病菌繁殖等，對維持人體消化道正常生理功能有益。但如因機體抵抗力低下，或由於慢性腸道疾病長期大量應用抗生素，則可大量殺死或抑制正常菌群而發生菌群失調，可引起真菌或葡萄球菌性腸炎。患者可有腹瀉、腹脹、消化道功能紊亂等症狀。
早期診斷菌群失調是正確有效治療的前提。
菌群失調的診斷包括三部分：
1、有無菌群失調。
2、菌群失調的程度。
3、菌群失調的誘因。
菌群失調患者常表現為嚴重腹瀉或慢性腹瀉，在應用抗生素治療過程中，如突然發生腹瀉，或原有腹瀉加重，即有可能已發生了菌群失調。
菌群失調的程度可分為三度：
Ⅰ度（輕度）為可逆性輕度菌群失調，去除致病因素後即可恢復好轉，症狀消失，臨床上多見於急性疾病引起的腸道功能紊亂；
Ⅱ度（中度）菌群失調較重，去除病因常不能恢復，多有慢性腸道症狀；
Ⅲ度（重度）菌群失調，表現為菌群交替或二重感染。
詳細地瞭解糞便性狀並結合實驗室檢查可以確定一些有特異性誘因的菌群失調，如志賀菌、沙門菌、空腸彎曲菌、艱難梭菌和輪狀病毒感染等。
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