健康人的胃腸道內寄居著種類繁多的微生物，這些微生物稱為腸道菌群。腸道菌群按一定的比例組合，各菌間互相制約，互相依存，在質和量上形成一種生態平衡，一旦機體內外環境發生變化，特別是長期應用廣譜抗生素，敏感腸菌被抑制，未被抑制的細菌而乘機繁殖，從而引起菌群失調，其正常生理組合被破壞，而產生病理性組合、引起臨床症狀就稱為腸道菌群失調症。
病因：
1、飲食因素：
飲食可使糞便菌叢發生明顯改變。無纖維食物促進細菌易位。纖維能維持腸黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。食物纖維能減少細菌易位，但不能使屏障功能恢復至正常。
2、菌叢的變化因素：
菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當長的時期內菌叢組成十分穩定。每個菌種的生態學地位由宿主的生理狀態、細菌間的相互作用和環境的影響所確定。
3、藥物的代謝因素：
腸道菌叢在許多藥物的代謝中起重要作用，包括乳果糖、水楊酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可導致腸道菌叢的改變，其取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。氯林可黴素和氨苄青黴素等容易引起菌群失調，使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病，導致抗生素相關性腹瀉（偽膜性腸炎）。應用甲氰咪胍等H2—受體拮抗劑可導致藥物性低胃酸和胃內細菌增殖。
4、年齡因素：
隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發生改變，雙歧桿菌減少，產氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機能的刺激，後者導致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能維持年青時的腸道菌群平衡，也許能夠提高免疫能力。
5、胃腸道免疫功能障礙：
胃腸道正常免疫功能來自黏膜固有層的漿細胞，漿細胞能產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此為胃腸道防止細菌侵入的主要物質。一旦胃腸道黏膜合成單體或雙體IgA，或合成分泌片功能發生障礙，致使胃腸道分泌液中缺乏分型IgA，則可引起小腸內需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調，引起慢性腹瀉。無症狀的IgA缺乏者，小腸內菌群亦可過度繁殖。新生兒期菌群失調發生率較高，亦可能與免疫系統發育未成熟或不完善有關。
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