偽膜性腸炎主要發生在結腸，偶見於小腸等部位。病變腸腔擴張，腔內液體增加。病變腸粘膜的肉眼觀察，可見凝固性壞死，並覆有大小不一、散在的斑點狀黃白色偽膜，從數毫米至30毫米。嚴重者偽膜可融合成片，並可見到偽膜脫落的大、小裸露區。顯微鏡下可見偽膜系由纖維素、中性粒細胞、單核細胞、粘蛋白及壞死細胞碎屑組成。粘膜固有層內有中性粒細胞、漿細胞及淋巴細胞浸潤，重者腺體破壞斷裂、細胞壞死。粘膜下層因炎性滲出而增厚，伴血管擴張、充血及微血栓形成。壞死一般限於粘膜層，嚴重病例可向粘膜下層伸延，偶有累及腸壁全層導致腸穿孔。山東省千佛山醫院肛腸科王志民
Price和Davies將本病的粘膜病變分為3種：
①早期輕度病變顯示粘膜灶性壞死，固有層中性粒細胞及嗜酸粒細胞浸潤和纖維素滲出。
②較重度病變示有腺體破壞，周圍中性多形核細胞浸潤伴有典型火山樣隆起壞死病變，偽膜形成。以上兩者病變限於粘膜固有層淺表部位，間有正常粘膜。
③最嚴重病變為粘膜結構完全破壞，固有層廣泛波及，覆有厚的融合成片的偽膜。病變癒合後，偽膜脫落，偽膜下癒合的創面發紅，在偽膜脫落後10天左右，內鏡檢查可完全恢復正常。
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