慢性萎縮性胃炎的病理變化比較複雜，但是以胃黏膜固有腺體萎縮為其突出病變。主要表現在胃黏膜固有腺的數量減少，功能減低，同時還伴有炎性細胞浸潤，上皮增生及化生等。
腺體萎縮是萎縮性威嚴的基本病變，也是病理診斷的主要依據。萎縮多發生與腺體頸部以下的腺體，腺體變短，數量減少，重者腺體可以完全消失，粘膜變薄。在萎縮區可有大量淋巴細胞和漿細胞的浸潤，常波及粘膜全層。可形成淋巴濾泡。如果在粘膜淺層中出現中性粒細胞浸潤，即可診斷胃活動性萎縮性胃炎，這時的粘膜上皮常常發生壞死，或形成糜爛。
一、腸上皮化生或假幽門腺化生
腸上皮化生或假幽門腺化生是萎縮性胃炎常見的病理改變。
化生的程度一般與固有腺體萎縮程度呈正相關，即固有腺體萎縮越重，化生腺體也越多。
腸上皮化生可以分為兩種
一種是完全型化生，又稱為I型化生、小腸型化生，完全型化生的上皮與小腸上皮相似，含有吸收細胞、杯狀細胞和潘氏細胞。
另一種胃不完全型化生，又稱II型化生，不完全型化生又分為胃型化生和結腸型化生。胃型不完全化生的柱狀細胞像胃的腺窩上皮細胞，可以分泌中性粘液，結腸型不完全化生的柱狀細胞分泌酸性粘液。一般認為結腸型不完全化生與胃癌的關係密切。因為不典型增生是起始於不完全化生。
假幽門腺化生是指胃體或胃底粘膜中出現類似正常幽門腺的腺體，主要由柱狀粘液細胞組成，一般不見內分泌細胞。而真幽門腺有較多的胃泌素細胞，假幽門腺化生可能與胃黏膜的損失有關。
二、值得關注的是萎縮性胃炎賁門炎，其發病率僅次於胃竇炎，它與胃賁門癌的發生有密切關係。可以認為是賁門癌的癌前狀態，特別是與高分化腸型胃癌的發生更為密切。由於賁門部癌的特殊性，X線及胃鏡檢查，常常容易漏診，而組織學又常為高分化腺癌，不易與良性病變區分。所以對於萎縮性胃炎賁門炎要加強重視，定期複查。檢查時，一定要仔細認真檢視，才可以提高診斷的正確率，避免漏診誤診。
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