慢性萎縮性胃炎病理表現為胃黏膜固有腺體從萎縮至減少或消失，與胃癌發生密切相關，常在腺體萎縮的基礎上出現腸上皮化生等癌前病變，進而演變為胃癌。當已有明顯的萎縮形成，難有藥物發揮明顯的作用，所以治療的時機尤為重要。主要治療方式有：
1、根除幽門螺旋桿菌。早在1994年WHO就將幽門螺旋桿菌（Hp）確定為胃癌發生的I級致癌物，根除Hp對防治慢性萎縮性胃炎癌變國際上已有共識。NCCN指南2009年中國版第二版特別提到Hp的治療問題：如果檢測陽性，需要進行治療。已有報道認為根除Hp有助於萎縮性胃炎的改善。
2、增強胃黏膜的防禦功能。慢性萎縮性胃炎的病理形成主要是長期的炎症刺激引起多個腺體結構的破壞，因此增強胃黏膜的防禦和修復是治療的關鍵。目前臨床使用的胃黏膜保護劑包括硫糖鋁、鉍劑和前列腺素藥物，主要機制是通過黏附在胃黏膜進而防止胃酸和胃蛋白酶破壞黏膜屏障、促進前列腺素合成和表皮生長因子分泌。
3、補充抗氧化劑。已有研究發現長期補充抗氧化維生素（維生素C和維生素E）、葉酸和β胡蘿蔔素對預防和阻斷慢性萎縮性胃炎有一定作用。目前Hp根除與抗氧化劑的聯合應用廣被看好。
4、中醫藥治療。主要選用保護胃黏膜、消炎抑菌、收斂止血、促進癒合、消腫化瘀、開胃止痛的方劑，改善萎縮腺體的血液迴圈和新陳代謝，以恢復胃內酸性環境。
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