室間隔缺損特別是高位和房室管型者，在修補時易引起：房室傳導阻滯；主動脈瓣或三尖瓣損傷；空氣栓塞等併發症。
1、房室傳導阻滯在開展室間隔缺損修補的早期，永久性房室傳導阻滯的發生率為1％一12％。隨著手術技術的改進，如採用超越縫線、操作輕柔、避免過分牽拉或鉗夾等措施後，這一房室傳導阻滯併發症已大為減少。在筆者的210例室間隔缺損直視縫合和修補術中，無1例發生永久性房室傳導阻滯。
在復甦後即出現完全性房室傳導阻滯者，應再次行心肺轉流，開啟心臟切口，在缺損後下角處拆除1-2根縫線，於距離缺損後下緣稍遠處，加縫1一2根縫線。如心室節律慢，血壓低，則應在靜脈內滴注異丙腎上腺素0.5mg，使心率維持在80次／分以上。在關胸前，於心肌表面安置起搏電極，並接連起搏器，把心率定在90-100次／分進行起搏。對完全性或不完全性右束支傳導阻滯對患者影響不大，不需特殊處理。
2、主動脈瓣關閉不全大型缺損，主動脈瓣環下無間隔組織者，縫合時，如縫線牽拉過緊，能使主動脈瓣環變形，易造成關閉不全。若縫線安置過深、過高；就能傷及主動脈瓣膜，同樣導致關閉不全。因此，對大型缺損修補時，要採用塑料織物，並辨明主動脈瓣部位，將縫線安置在主動脈瓣環處。手術中一旦發現關閉不全，就要及時拆除、重新縫合。
3、三尖瓣關閉不全或狹窄縫合隔瓣後方缺損時，甚易傷及瓣膜或其腱索，造成關閉不全。筆者曾有1例於缺損修補後，臨床上出現嚴重的關閉不全，手術後21個月死亡。屍檢發現缺損修補不夠完善，並再度撕裂，在缺損後下緣處有一根縫線穿過隔瓣腱索，固定於缺損下緣，形成關閉不全，並將室間隔缺損變為左心室向右一溫和右心房同時分流，造成嚴重後果。導致三尖瓣關閉不全的另一可能性，是在顯露缺損時，曾切斷腱索未予縫合或復位。因此，在大型缺損修復後，如不將前瓣牽開，可能將缺損後緣與隔瓣根部和前瓣根部或環部縫在一起，造成三尖瓣口縮小或狹窄。
4、缺損修補不完善缺損修補後仍有大的殘餘分流者，約為6％。常發生在大型缺損修補，部位多半在後下角處。原因可能是，縫針距離太大，遺留間隙；縫針太淺，容易脫落；轉移縫線未將隔瓣下方與缺損邊緣之間的夾角關閉等。故在缺損修補時，應注意這幾點。修補完畢後，要測試缺損修補是否完善，用彎鈍頭探子探查缺損邊緣縫線之間有無間隙；或作膨脹肺試驗，左心室加壓注射等滲鹽水，觀察補片周圍有無漏血、漏液。
5、空氣或其他栓子栓塞在室間隔缺損修補過程中，特別是採用左心房引流者，空氣可通過缺損進入左心室，在縫合心臟切口後，導致冠狀動脈氣栓，引起嚴重後果。常規地把手術檯搖到頭低腳高，並利用左心室心尖引流管排除左心室內氣體，把右手放在心後輕輕震動，而後把心尖抬高，用注射器穿刺心尖處抽出心腔內、肺動脈和升主動脈內可能殘餘的空氣，再於升主動脈根部插入一放氣的槽針，而後鬆開升主動脈鉗閉使心臟復甦。如發現冠狀動脈氣栓發生，則立即加大流量，提高灌注壓，以手指向遠側方向擠壓冠狀動脈，驅除氣栓。如腦部發生栓塞，手術後應已高濃度氧或純氧作機械呼吸，促進微氣栓的吸收；在伴有昏迷和抽搐者，應於手術後5日內採取低溫療法，咽部溫度維持在32-34℃，並採用防治腦水腫的措施。
此外，應用人造織物修補缺損時，應將織物片清洗乾淨，用電烙燙平邊緣，以免線頭脫落，形成栓子；在體外迴圈灌注系統中，多處採用微孔過濾器使防止微栓子栓塞的有效措施。
6、防止心臟膨脹和心室顫動大型缺損合併肺動脈高壓，特別是在高阻力－低儲備型別的患者，左、右心室常肥大，甚至勞損，對缺氧的耐受性較差；手術後肺動脈壓力和阻力一般下降不滿意；這就不但需要保持一個好的左心室功能，更需要保持一個好的右心室功能。故在心內直視手術中，應加強心肌保護，儘量縮短心臟缺血時間，復甦時千萬不要使心臟膨脹，損傷心肌纖維和阻礙心內膜下血液供應，必須使心臟保持在排空狀態。如發生心室顫動，必須儘早以低功率電擊除顫，否則心內膜下的血運亦會減少，顫動的心肌耗氧量比空跳者增加。這兩種情況均對心肌收縮力的恢復不利，削弱心臟特別是右心室排血通過較高的肺血管阻力的力量，增加手術後出現低心排徵，甚至心力衰竭的可能性。
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