主要依據為具有PDS的體徵及眼壓、青光眼性視野與視盤的改變以透照法檢查見中周部虹膜輪輻狀透光區，最具有特徵性。另裂隙燈檢查見角膜後壁的Krukenberg梭形色素沉著，前房深，虹膜後陷並有色素沉著，擴瞳後見晶狀體後表面近赤道部色素沉著。虹膜角膜角鏡檢查為寬房角且小樑上呈現緻密的色素沉著帶。具備虹膜體徵及部分其他體徵，可以診斷為PDS;若同時伴有病理性高眼壓青光眼視野與視盤改變，則可以診斷為PG。
1、虹膜色素脫失
沒有與PDS/PG中虹膜輪輻狀透照缺損相關的其他疾病。先天性青光眼的病人，有的偶爾在虹膜遠周邊部接近其附著處可見透照缺損，但不是輪輻狀的。剝脫綜合徵的病人偶爾存在色素播散，透照缺損的位置多在瞳孔邊緣，或在整個虹膜呈散佈的斑塊狀。由於外傷或手術引起虹膜後表面的損傷，呈不規則的虹膜色素脫失斑。由於嚴重的葡萄膜炎而使後虹膜脫失色素的病人也是呈區域性的斑狀脫失，但不是周邊輪輻狀缺損。偶爾在一個正常眼中可有一個大理石紋樣的透照缺損，但與PDS/PG的改變截然不同。
2、葡萄膜炎
如果小的色素顆粒在房水中浮游會被誤認為是白細胞，而被誤診為葡萄膜炎。要做出正確的判斷，必需注意到PDS的典型體徵並且缺乏葡萄膜炎的其他症狀，如結膜充血、KP和虹膜後粘連。PDS病人中虹膜後表面色素丟失儘管吞噬細胞可以向前進入虹膜基質，但並不激起炎症反應。帶狀皰疹性角膜葡萄膜炎可引起扇形虹膜萎縮，單純皰疹性角膜葡萄膜炎可引起廣泛的虹膜萎縮。二者均沒有PDS樣的虹膜透照缺損。
3、小樑網色素增加
除PDS/PG外在其他綜合徵眼內也能出現異常的色素播散。剝脫綜合徵相關的色素播散能導致小樑網明顯變黑。許多這樣的病例中，色素與囊膜剝脫物質混在一起，形成不規則的、麻紙樣的色素帶。一個典型的Krukenberg梭是不發展的。典型的囊膜剝脫物有助於正確診斷。
有周邊虹膜或睫狀體囊腫的病人偶爾在小樑網上有中度的色素沉積，但沒有典型的Krukenberg梭。診斷藉助於觀察周邊虹膜PDS特有的透照缺損明確診斷需在散瞳條件下，應用虹膜角膜角鏡查見虹膜下囊腫。以上兩種情況在晶狀體周邊後表面沒有色素沉積。
4、前、後節黑色素瘤
虹膜、睫狀體或後節黑色素瘤(如果玻璃體前界膜破裂)能伴有色素播散。色素性瘤細胞或充滿色素的吞噬細胞可以引起前後房相當程度的變黑。但是缺乏PDS/PG典型的症狀：沒有Krukenberg梭，沒有任何透照缺損。易於發現原發腫瘤。虹膜後表面的炎症偶爾可有中等數量的色素釋放，經常在下方房角內聚整合團，同時伴有炎症的表現。
5、其他
植入後房型人工晶狀體後有時可引起PG，此時位置異常的後房型IOL與虹膜在術後長期接觸、摩擦導致色素釋放
6、剝脫綜合徵
色素性青光眼中周部晶狀體與瞳孔周圍虹膜之間機械性摩擦，類似色素性青光眼那樣出現虹膜透照缺損Krukenberg梭、小樑色素沉著和眼壓升高然而下列情況容易做出鑑別：
（1）60歲以上老年人多見，罕見於40歲以下年齡；
（2）50％患者為單側性，無性別、屈光不正（近視）傾向；
（3）透照缺損常見於瞳孔緣及其周圍虹膜罕見在中周部虹膜，小樑網色素沉著不如色素性青光眼那麼濃密（通常2級）；
（4）最具鑑別特徵的是瞳孔緣灰白色頭皮屑樣顆粒或絮片，周邊晶狀體前囊上的灰色假性剝脫物質。曾報告兩種疾病可同時存在。
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