幾乎所有胎兒的內臟器官，在出生前都會持續不斷地成長變化，因此並非在早期檢查時，為正常狀況的器官，就能保證在出生後也一定正常。也因為超音波受限於媽媽肚皮及子宮的阻擋，無法調整胎兒的姿勢及位置，無法獲得某些角度的影像。
以下為因胎兒成長狀況而造成超音波檢查有所限制的情況：
1、水腦
有許多水腦或水腎的狀況，都會到了懷孕後期才逐漸產生。
2、全盲
胎兒在子宮內因為沒有光線的刺激，因此不會睜開眼睛，所以無法診斷出先天全盲或小眼症的狀況。
3、聽力
在胎兒5-6個月大時，聽力已有發育，但目前沒有任何方式可以得知，胎兒是否有先天性聽障的問題。
4、先天心臟病
心臟的心房中隔（即卵圓孔），以及動靜脈導管，都是在出生後才會逐漸關閉，雖然是在出生便可輕易診斷出的心臟病，卻無法在出生前就得知。
5、腸胃道阻塞
腸胃道的阻塞病變，極少數會出現在懷孕24周之前，因為胎兒在懷孕前期，很少大口的吞進羊水。
6、肢（指、趾）端異常
像是手腳內翻或外翻、多指（趾）、並指或指節缺失等異常狀況，也因為胎兒常處於握拳狀態，幾乎無法由超音波確切診斷。
7、侏儒症
有部分的侏儒症狀，無法在早期診斷出來。因為胎兒在6-7個月大的時候，就會逐漸停止骨頭的發育生長。
8、先天性代謝異常
絕大部分的生化代謝異常疾病，例如黏多醣症，都要等到寶寶出生進食後，才會逐漸發病。也因此許多致死性的生化代謝異常，在產前無法辨認，除非媽媽已生過類似疾病的寶寶。
在第18-20周進行第一次超聲波檢查。它能大致診斷出胎兒是否畸形，觀察胎兒的活動狀態。對那些被高度懷疑的胎兒，如無腦兒、腦積水、腦脊膜膨出、臍帶異常、消化道異常、連體畸形、小頭畸形等，能很快給出“答案”。
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