膿毒性血栓易與下列病症的症狀混淆，注意鑑別診斷。
頸內動脈創傷性血栓
頸總動脈是頭頸部的主要動脈幹，在甲狀軟骨上緣分支為頸內動脈和頸外動脈。創傷性栓塞的發病率以頸內動脈較高因頸內動脈主要為腦和視器供給血液，故栓塞後果較嚴重。頸內動脈栓塞可發生於其頸段、巖骨段、海綿竇段或床突上段。據70例的分析發生於頸段者佔85%，巖骨段佔10%。頸內動脈栓塞多發生在頸部挫傷後患者可有短暫性大腦缺血性發作，隨後出現神經系統病徵，此為頸內動脈栓塞的特徵。
靜脈血栓
在靜脈血流遲緩，血液高凝狀態及血管內膜損傷條件下，靜脈發生急性非化膿性炎症，並繼發血栓形成的疾病。絕大多數靜脈血栓形成發生在盆腔及下肢的深靜脈。多見於產後、骨折及創傷、手術後的病人。若出現肢體疼痛、腫脹、淺靜脈怒張並沿靜脈可觸之索條狀物，應考慮本病的可能性。超聲多普勒、放射性核素靜脈造影可助診斷。血栓形成早期易於脫落，可造成大片肺梗塞，常是猝死原因之一。
血栓性贅生物
贅生物是機體或器官內、外面在病理過程中形成的各種突出物的總稱。血栓性贅生物多見於非細菌性血栓性心內膜炎。非細菌性血栓性心內膜炎可累及任何心瓣膜，主要影響二尖瓣和主動脈瓣。二、叄尖瓣的贅生物多位於心房面，主動脈瓣、肺動脈瓣的贅生物多位於心室面。非細菌性血栓性心內膜炎的主要病理改變是瓣膜上無菌性贅生物形成，早期改變為瓣膜膠原在變態反應、維生素缺乏、血流動力學損害以及衰老等因素作用下，發生退行性變和基質水腫，繼之瓣膜的內膜區域性剝脫，使膠原和基質暴露於血流中，當抗體處於高凝狀態時，血小板等易附著於其表面，形成非細菌性血栓性贅生物。病變多較表淺，區域性常無炎症反應，贅生物一旦脫落可產生動脈栓塞徵象。
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