小耳畸形與杯狀耳都是先天性耳部畸形，致病因素與母體有直接關係，根據遺傳學檢查，屬於常染色體顯性遺傳。在對杯狀耳進行矯正治療時，需與小耳畸形、招風耳等作出鑑別。
以下是小耳畸形與杯狀耳的鑑別診斷：
小耳畸形：新生兒耳部常見畸形之一，男女比例為2：1，主要表現為耳廓的形態改變，外耳的基本結構消失或部分消失，僅有部分軟骨及耳垂殘留，嚴重者沒有任何結構，是最為嚴重的情況，也稱之為無耳。該類患者除了耳廓的畸形，還常伴有同側面部發育不良，聽力減退，甚至伴有心臟、泌尿系統等的嚴重畸形。
杯狀耳：是一種介於招風耳和小耳之間的先天性畸形，主要表現為耳廓捲曲，輕者只是耳輪的自身摺疊，重者則整個耳廓上部垂，蓋住耳道口；耳廓前傾，亦即招風耳，但與單純的招風耳畸形有所不同；耳廓變小，主要是耳廓長度變短；耳廓位置低，嚴重者較明顯，且常伴有頜面部畸形。
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