慢性腰背中度痛的鑑別診斷是困難的，可以細緻確定起病情況，疼痛的特徵和精確的定位開始。疼痛可能為區域性性(在病變部位感覺到且有壓痛點)，如纖維肌痛症;或瀰漫性，如原發性纖維肌痛症。疼痛也可以由深部組織引起，如腰椎慢性骨關節炎的腰痛等。臨床上還需對慢性腰背中度痛的病因進行鑑別診斷：
1、先天性骨缺陷，退行性疾病或骨畸形可作X線檢查，如攝取顯示椎間小關節面的斜位片。
2、椎間盤破裂，韌帶扭傷和肌肉撕裂為突然發病，症狀常在舉重物後24小時內開始。特定部位區域性壓痛和肌肉痙攣是有意義的，提示為背部本身的病變而不是骨盆內或腹膜後疾病。CT掃描或MRI檢查可提供有價值的縱軸空腔變形的影象。
3、骨折與骨折脫位可通過病史，創傷的性質，X線檢查，CT掃描，骨掃描(如99m鎝焦磷酸鹽標記)來排除。
4、椎體後小關節的慢性關節炎通常與退行性椎間盤疾病有關。前者有骨關節炎的特殊臨床表現與X線徵象，後者有神經根激惹症狀。過度伸展通常加重受累椎體後小關節的疼痛。
5、較年輕的成人逐漸發生的下背部痛提示潛在的骨異常，如脊椎前移或脊椎關節病(如強直性脊椎炎或骶髂關節炎);青春期發病高度提示脊椎關節病。盆腔與腹膜後疾病有相應的症狀，無腰部的區域性體徵。
6、腫瘤與感染較難診斷，可類似破裂的椎間盤。佔位性腫瘤常由CT，MRI或脊髓造影診斷。腦脊液檢查不一定能鑑別腫瘤與椎間盤破裂，兩者的腦脊液蛋白含量都可以升高，但此項檢查在診斷腦脊膜炎和其他感染是必要的。
7、纖維肌痛可引起慢性下背部疼痛和僵硬感，為其侷限性(肌筋膜)或瀰漫性(纖維肌痛)症狀的一部分。
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