菌尿是指清潔外陰後在無菌技術下采集的中尿標本，如塗片每個高倍鏡視野均可見到細菌，或者培養菌落計數超過100000每毫升。一般正常人的尿液都含有細菌，這主要是因為腎臟把人體內的毒素排出來。所以在一些患有腎盂腎炎的患者中，因為腎臟功能受損，會有菌尿的出現，因此很多腎盂腎炎患者很擔心。
腎盂腎炎患者出現菌尿的原因可能為：
1、最常見的病因是抗炎藥物及化學療法的使用抑制了細菌的活性。
2、患側輸尿管的阻塞，使細菌不能隨尿排出。
3、尿酸鹼度在5.0以下或高度的尿液稀釋，不利於細菌的生長。
4、迅速的尿流使細菌無機會繁殖，或某些細菌生長較慢或不易繁殖。
5、慢性腎盂腎炎為一種無菌性疾病，開始由細菌感染引起，以後細菌消失，而感染由細菌毒素的持續或自體免疫機制維持。
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