引起感染性心內膜炎的細菌或其產物作為抗原，產生相應抗體，兩者組成迴圈免疫複合體。在腎小球內免疫複合體的沉積部位與細菌的型別、感染時期有關，但主要取決於抗原-抗體複合物的大小和溶解度。需要與下面疾病相區分：
1、免疫性腎炎：免疫性腎炎多發生於心內膜炎發病後數週，符合免疫反應發生的機制，表現為不同程度的鏡下或肉眼血尿，蛋白尿，紅細胞管型，輕至中度急性腎炎綜合徵伴氮質血癥比較常見，血尿素和肌酐升高，肌酐清除率下降，也有報道腎臟有廣泛新月體形成，臨床呈急進性腎炎表現，部分病人可出現低蛋白血癥和腎性水腫，而腎病綜合徵少見，常見廣泛而嚴重的腎損害，可發生腎衰。
2、小管間質性腎炎：感染性心內膜炎引起間質腎炎與感染病原菌經血迴圈進入腎實質引起間質腎炎及長期使用大量抗生素有關，使用抗生素尤其是青黴素類，會導致過敏性小管間質腎炎，其臨床表現與其他藥物相關性小管間質性腎炎類似。
3、腎膿腫：急性葡萄球菌性心內膜炎同時伴有全身的膿毒敗血症時可同時導致腎臟多發性小膿腫，臨床表現為發熱，腰痛，腎區叩擊痛，可出現血尿。
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